La storia è ambientata due anni dopo le vicende del gioco, e molte cose sono cambiate: ora Cloud gestisce un bar e un’agenzia di consegne (la Strife Delivery Service) insieme a Tifa Lockhart, ma non riesce a perdonarsi di non essere riuscito a salvare Aerith. La sua vita a Edge (così viene chiamata la città di sopravvissuti creata attorno a Midgar) trascorre relativamente tranquilla finché, insieme a molti altri, non si ammala di Geostigma…